Bewegungen im Alltag sind selten auf ein Gelenk oder eine Muskelgruppe beschränkt. Der Körper ist vielmehr eine gesamte Einheit aus Muskeln, die miteinander vernetzt sind und nur dann optimal funktionieren, wenn die Muskelketten untereinander problemlos interagieren können. So werden beim funktionellen Training die Muskeln nicht wie beim Bodybuilding isoliert trainiert, sondern durch natürliche Bewegungen als verknüpftes System wahrgenommen. Durch gezieltes Training von komplexen Abläufen wie Springen, Heben, Drücken oder Ziehen werden unterschiedliche Muskelketten auf vielschichtige Art gleichzeitig beansprucht.
Dies hat positive Nebeneffekte wie eine Steigerung der Koordination oder des Körpergleichgewichts und fördert neben einer Verbesserung der Beweglichkeit und Ausdauer vor allem die Gelenkstabilisierung, die vor Alltags- und Sportverletzungen schützen kann. Besonders Leistungssportler trainieren nach diesem Prinzip, da Flexibilität, Kraft und Dehnbarkeit durch abwechslungsreiche Methoden optimiert werden, die dem Körper bei regelmäßigen Trainingseinheiten eine neue Intensität an Leistungsfähigkeit verschaffen, die zu einem gesunden und positiven Lebensgefühl beitragen.